分层嵌入原理：分层嵌入原理是指在能源审计中，能源利用流程的四个环节（购入贮存、加工转换、输送分配、至终使用）都要嵌入能源利用效率低和能源浪费在哪里产生、为什么会产生能源利用效率低和能源浪费、如何解决能源利用效率低和能源浪费这三个层次，在每一个层次中都要嵌入能源、技术工艺、设备、过程控制、管理、员工、产品、废弃能这八个方面。在能源审计的各个阶段都要都要从四个环节出发，利用三个层次，从八个方面入手弄清位置，找准原因，解决问题。

能源审计是一套科学的、系统的和操作性很强的程序，这套程序引用了如下原理方法：物质和能量守恒原理、分层嵌入原理、反复迭代原理、穷尽枚举原理。

物质和能量守恒原理：物质和能量守恒这一大自然普遍遵循的原理，是能源审计中尤为重要的一条原理，能源审计，是进行能源审计的重要工具。在获得被审计用能单位的资料后，可以测算能源投入量、产品的产量，在此期间建立一种平衡，则将大大有助于弄清用能单位的能源管理水平及其物质能源的流动去向，帮助发现用能单位的能源利用瓶颈所在。物质和能量守恒这种工具是对用能单位用能过程进行定量分析的一种科学方法与手段，是用能单位能源管理中一项基础性工作和重要内容，开展用能单位能源审计必须借助这一原理。

能源成本的核定方法：(1)企业综合能源消费和企业总能源费用。①企业使用外购能源的费用。企业使用外购能源费用的计算应考虑审计期内各购入能源品种的输入、输出、库存及消费关系，只计算企业自身消费的部分。②企业综合能耗的计算。(2)直接生产过程单位产品能源成本。①直接生产过程单位产品能源成本按照单位产品所消耗的各种能源实物量及其单位价格进行计算。②单位产品实物能源消耗量可根据企业在审计期内生产系统的实物能源消耗量和合格产品产量来计算。③间接能源消耗和能源损耗。1)企业能源审计应考察企业间接能源消耗水平，分析间接能源消耗在企业总能源消耗中所占的比例。2)企业能源审计应分析能源损耗的大小和原因。3)在计算企业产品单位综合能源消耗和企业出厂产品的单位能源成本时，应将间接能源消耗和能源损耗按产品直接生产能源消耗的比例分摊到各产品能耗指标中。